『デジモンワールド』同様、現実世界での出来事である。今から近未来の世界が舞台。そして物語は「デジモン・オンライン」というゲームをめぐって展開される。
主人公のアツシは友達のタクミ、ミノリとこの「デジモン・オンライン」を遊び始める。しかし彼らのプレイ中、ゲームシステムに不測の事態が発生し、アツシたちや他のプレイヤーはゲームを終了し現実世界に戻ることが出来なくなってしまった。その背景にはこのゲームを狙ったテロ行為があり、恐るべき陰謀が進行していたのだった。アツシたちはゲームの中からその陰謀を阻止するべくパートナーデジモンたちとこの世界を冒険するのであった。
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主人公のアツシは友達のタクミ、ミノリとこの「デジモン・オンライン」を遊び始める。しかし彼らのプレイ中、ゲームシステムに不測の事態が発生し、アツシたちや他のプレイヤーはゲームを終了し現実世界に戻ることが出来なくなってしまった。その背景にはこのゲームを狙ったテロ行為があり、恐るべき陰謀が進行していたのだった。アツシたちはゲームの中からその陰謀を阻止するべくパートナーデジモンたちとこの世界を冒険するのであった。